Pada prinsipnya Universitas Esa Unggul berusaha membantu mahasiswa dalam membayar biaya pendidikannya secara proporsional sesuai dengan kemampuan mahasiswa.

Biaya kuliah untuk Program Pascasarjana (S2) berdasarkan Program Studi sebagai berikut:

1. Program Magister Administrasi Publik (MAP), Magister Ilmu Komputer (MKOM) dan Magister Ilmu Komunikasi (MIKOM)

• Uang Masuk Pertama (Uang Pangkal) sebesar Rp. 5.000.000, bisa dicicil 2 kali dengan pembayaran pertama Rp. 3.000.000
• Biaya Kuliah Rp. 1.400.000 per bulan, sudah termasuk semuanya  (SPP, SKS, Ujian)

2. Program Magister Akuntansi (MAKSI), Magister Hukum (MH)

• Uang Masuk Pertama (Uang Pangkal) sebesar Rp. 5.000.000, bisa dicicil 2 kali dengan pembayaran pertama Rp. 3.000.000
• Biaya Kuliah Rp. 1.500.000 per bulan, sudah termasuk semuanya  (SPP, SKS, Ujian)

3. Program Magister Manajemen (MM)

• Uang Masuk Pertama (Uang Pangkal) sebesar Rp. 5.000.000, bisa dicicil 2 kali dengan pembayaran pertama Rp. 3.000.000
• Biaya Kuliah Rp. 1.750.000 per bulan, sudah termasuk semuanya  (SPP, SKS, Ujian)

4. Program Magister Administrasi Rumah Sakit (MARS)

• Uang Masuk Pertama (Uang Pangkal) sebesar Rp. 5.000.000, bisa dicicil 2 kali dengan pembayaran pertama Rp. 3.000.000
• Biaya Kuliah Rp. 2.000.000 per bulan, sudah termasuk semuanya  (SPP, SKS, Ujian)